Проигрыш католиков
В 1558 году умерла Мария Тюдор, и английский трон заняла ее протестантская сестра Елизавета I, дочь королевы-прелюбодейки Анны Болейн, казненной по повелению супруга Генриха 8-го. В свое время отец лишил Елизавету прав на престол, и по закону после смерти Марии на английский престол должна была взойти ближайшая законная по родству наследница - Мария Стюарт.
Тем временем в 1559 году, супруг Марии стал королем Франции Франциском II и заявил свои претензии не только на шотландский, но и на английский престол.
Воодушевленные победой Реформации в Англии, шотландские протестанты удвоили свои усилия. Королеве-матери, лишившейся поддержки в Шотландии, оставалось обратиться за помощью к католической Франции.
В это время королева Англии Елизавета I начала переговоры с шотландскими протестантами, хотя и неохотно - из-за ее личной неприязни к Джону Ноксу. Но их объединяло желание отразить французские притязания на трон своих государств.
В 1560 году королева-мать умерла, и между двумя странами был заключен Эдинбургский договор, который признавал Елизавету королевой Англии и обеспечивал удаление из Шотландии как английских, так и французских войск. Фактически это событие обеспечило окончательную победу протестантизма в Шотландии и стало первым шагом к объединению Англии и Шотландии.
Шотландский парламент отменил подчинение шотландской церкви папе римскому и запретил католическое богослужение. По сравнению с другими странами переход к протестантизму здесь сопровождался небольшими жертвами: за все время были казнены семь протестантов и два католика. Большинство католического духовенства либо присоединилось к протестантскому, либо отошло от дел.